Das Thema Allergie spielt bei Gegnern des Einsatzes von Hunden in der Schule immer wieder eine große Rolle. Es zeigt sich aber, dass bei Schülern, die angeblich allergisch auf Hunde reagieren, häufig kaum Reaktionen festzustellen sind. Trotzdem muss dieser Punkt immer gut abgeklärt sein, da es evtl. auch zu lebensbedrohenden Reaktionen kommen kann. Deshalb muss er auch im Hygieneplan Beachtung finden.
Allergische Reaktionen können durch Tierhaare, Speichelbestandteile, Hautschuppen oder Urinbestandteile ausgelöst werden. Dabei lösen Nagetiere und Katzen wesentlich häufiger Allergien aus als Hunde.
Nach einer Studie mit über 25.000 Jugendlichen im Alter von 12-14 Jahren in Großbritannien liegt das Risiko allergischer Reaktionen auf Tiere allgemein bei ca. fünf Prozent. In Leipzig ist in mehr als zehn Jahren tiergestützter Therapie mit 300 PatientInnen in der kinderpsychiatrischen Klinik bislang kein Fall einer allergischen Reaktion nach Tierkontakt aufgetreten.
Manchmal reicht es schon, wenn die Schüler keinen direkten Körperkontakt mit dem Hund aufnehmen. Der Hund kann auch regelmäßig mit Allerpet/d behandelt werden. Dieses Mittel ist für das Tier unschädlich, verhindert aber beim Menschen allergische Reaktionen. Es wird in der Regel einmal wöchentlich auf das Fell des Hundes aufgetragen.